产品简介
单细胞检测技术的发展为理解组织中细胞的组成与功能提供了手段。但是，现有的方法虽能检测到细胞类型，却无法真实还原在组织中的空间组成位置?？占渥甲檠Ъ际醯姆⒄雇ü匙橹Ъ际醯挠攀朴敫咄縍NA测序技术的融合，为检测组织中的细胞空间组成与基因表达提供了一个强有力的检测手段。
10X Genomics Visium空间转录组测序解决方案可检测完整组织切片中的总mRNA，并绘制发生基因活性的区域图谱。该解决方案提供了基因表达变异定位的高分辨率视图，可应用于癌症，神经科学，发育生物学等多种领域。该技术在识别不同的细胞类型的同时，保留其空间位置信息，可以提供细胞功能，表型和组织微环境中位置关系等重要信息。
Visium空间转录组测序解决方案无需进行目标预设就可在空间上实现各种组织中基因表达的空间可视化。通过数据分析和数据可视化，将基因表达数据映射到H&E图像上，轻松实现对同一样品基因表达和细胞组成空间结构的表征，以从组织切片中获得生物学的全貌。
Visium空间转录组产品特点
1. 平台稳定，不需要单细胞解离；
2. 组织兼容性强，大部分人，小鼠，大鼠组织都可用；
3. 实验周期短，一天可完成样本到建库；
4. 针对新鲜冷冻样品进行了优化；石蜡样本也适用；
5. 一张芯片4个捕获区域，每个捕获区域在6.5x6.5 mm2区域上包含5000个条形码化的mRNA捕获点（每个点平均捕获1-10个细胞，具体取决于组织类型）；
6. 数据分析工具成熟；
7. 可轻松与当前用于组织分析的实验室方法和工具有机结合；
8. 高分辨率，高灵敏度。
Visium空间转录组测序整体方案
图1研究整体流程
Visium空间转录组测序整体方案包括样本制备，样本成像，标记与文库构建，高通量测序和数据分析可视化五个步骤，利用实验室常用的科研仪器就可实现样本制备及实验过程。
Visium空间转录组测序实验流程
图2 实验流程
Visium空间转录组测序实验过程包括样本准备和文库构建两大部分。样本准备部分主要进行组织切片制备。文库构建部分主要进行组织固定，免疫组化染色，组织透化以及捕获标记mRNA，二代测序文库构建。
Visium空间转录组捕获芯片组成
图3 芯片特点及探针组成
空间转录组捕获芯片有4个6.5X6.5 mm2捕获点阵组成，每个点阵上包含有55μm直径，间距100μm的携带空间Barcodes和UMI，Poly(dT)的探针群组成。每张芯片可同时进行4个组织切片的检测。
可参考透化组织列表
说明：
“Tissues Optimized”:将组织冻存，OCT包埋，按《用户指南》实验即可；
“Tissues for Further Optimization”: 可能需要探索其他的制备技术和透化时间：组织存储，脱钙，替代包埋和切片参数。
数据结果展示：
图4 小鼠肾组织空间细胞聚类与基因表达结果
基于Space Ranger数据分析和Loupe Browser软件可视化，实现基于空间位置的细胞cluster分类和marker基因筛选。此外，可进行基因表达特征分析，展示单个基因在整个组织中的表达分布。
空间转录组应用领域
空间转录组可用于肿瘤学，免疫学，发育生物学，神经科学，病理学等研究。为理解肿瘤微环境，肿瘤发展进程，形态学，免疫浸润等热点问题，基于形态的发育生物学，大脑细胞层图谱构建等关键生物学问题提供了一个有效的解决方案。
